许多疾病都能导致肠道菌群多样性的降低和促炎细菌的生长 ， 然而也可能相反 ， 菌群多样性的降低和促炎细菌的生长也可能导致疾病的发生 。 许多研究表明菌群多样性的丧失和菌群失衡会导致一系列免疫功能的紊乱 ， 为自身免疫性疾病的发生奠定基础 。

自身免疫性疾病也可能发展成一个恶性循环 ， 菌群多样性的丧失和/或菌群失衡导致自身免疫性疾病的发生 ， 自身免疫性疾病又可能进一步加剧肠道菌群的紊乱 。 例如 ， 在炎症性肠病患者中 ， 遗传易感性以及特定的不恰当的微生物环境导致的免疫系统功能紊乱为肠道组织慢性炎症的发生做好了准备 。 毫无疑问 ， 一个人患了某一种自身免疫性疾病也可能更容易发生更多其它的自身免疫性疾病 ， 因为大多数的自身免疫性疾病都有一个相似的根源 。

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